Begründer der Homotoxikologie ist der deutsche Arzt Dr. Hans-Heinrich Reckeweg, der von 1905 bis 1985 gelebt hat. Aufbauend auf der Homöopathie begründete Reckeweg 1955 die Homotoxikologie mit der Maßgabe, ein ganzheitliches Medizinsystem zu entwerfen, welches die Homöopathie mit der Schulmedizin verbindet.
Reckeweg sah die dringende Notwendigkeit, das schulmedizinische System zu erweitern, da viele Krankheiten nicht zu heilen waren. Für ihn waren Krankheiten durchaus sinnvolle Abwehrvorgänge des Körpers gegen schädigende Einflüsse von außen. Dies können sowohl Krankheitserreger, aber auch Schadstoffe aus Umwelt und Nahrung, aber auch eigene Stoffwechselprodukte sein. Reckeweg bezeichnete all diese Stoffe als Homotoxine.
Während ein gesunder Körper noch in der Lage ist, diese von außen zugeführten oder im Stoffwechsel entstandenen Homotoxine innerhalb gewisser Grenzen wieder auszuscheiden, ist dies nach der Auffassung Reckewegs bei Krankheit nicht mehr möglich. Zu viele Schadstoffe haben den Körper überschwemmt oder aufgrund von Stoffwechselstörungen sind Homotoxine nicht mehr ausgeschieden oder neutralisiert worden. Die Abwehrkräfte im Körper reichen dann nicht mehr aus, sich gegen die Homotoxine zu wehren und es entsteht Krankheit. Das Zuviel an Homotoxinen im Körper teilt Reckeweg in sechs Phasen ein. Während die drei ersten Phasen die normalen Abwehrreaktionen des Körpers beschreiben, in denen noch große Selbstheilungskräfte enthalten sind, beschreiben die zweiten drei Phasen den Zustand, in dem der Körper Homotoxine nicht mehr ausscheiden kann und es so zur Zerstörung von Körperstrukturen oder Funktionen kommt.